关于公司加班费按底薪计算是否合法，法律依据如下：
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条及《工资支付暂行规定》第十三条，用人单位安排加班应按不低于正常工作时间工资150%、200%或300%支付加班费。其中“正常工作时间工资”指劳动者正常工作时间内应得的全部工资，而非仅底薪。

若公司仅以底薪为基数，且底薪低于当地最低工资标准，既违反《劳动法》第四十八条最低工资保障规定，也不符合《工资支付暂行规定》第十一条“工资不得低于最低工资标准”的要求，该做法无效。此外，《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十五条明确，劳动合同约定工资标准不得低于最低工资，否则约定无效。因此，劳动者可主张按实际工资总额计算加班费。

综上，公司是否合法按底薪算加班费，需结合劳动合同、工资结构、最低工资标准及用人单位支付义务综合判断；若违法，劳动者有权依法维权。
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公司加班费仅按底薪计算，可能受以下特殊情形影响：
1. 劳动合同明确约定：若合同书面约定以底薪为基数且劳动者签字确认，且底薪不低于最低工资标准，法院可能认定约定有效。
2. 协商一致的工资结构：用人单位与劳动者书面确认“底薪+浮动绩效”工资结构，并约定加班费仅以底薪计算（劳动者无异议），部分法院可能采纳该约定（存在争议）。
3. 特殊工时制度：不定时工时制岗位不适用加班费；综合工时制岗位的加班费计算方式也有差异，可能影响维权。

这些情形直接影响计算方式和维权结果，处理时需结合合同内容与岗位性质判断。
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公司加班费按底薪算是否合法，需具体分析：
- 若底薪低于当地最低工资标准，或未将绩效、津贴等工资总额部分纳入计算，违法。
- 若底薪≥最低工资且合同明确约定（劳动者签字确认），合法。
- 若工资结构为“底薪+绩效”且双方书面确认仅以底薪算加班费（劳动者无异议），司法实践中可能被部分法院认可。
- 综合工时制或不定时工时制岗位，加班费规则不同，需结合岗位性质判断。
- 未书面约定基数或单方面决定按底薪计算且未达法定标准的，劳动者有权要求补发差额。
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处理公司加班费按底薪计算的问题时，需注意以下常见错误：
1. 轻信口头承诺：如公司口头说“工资结构不变”“加班费已含底薪”，未要求书面确认，易导致维权困难。
2. 忽视工资条与流水核对：未核对工资条或银行流水，可能错过计算错误证据，无法主张权益。
3. 未及时维权：发现加班费不合理却沉默，可能过仲裁时效，丧失救济机会。
4. 自行辞职后维权难：未通过法律途径维权就辞职，可能被认定为“主动离职”，影响索赔。

若遇此类问题，建议及时收集证据并咨询我为您解答，以便采取正确方式维护权益。如需进一步帮助，欢迎随时联系，我将为您提供专业支持。

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